Historia opowiedziana w książce charakteryzuje się prostotą i bezpośredniością. Pokazuje po prostu konsekwencje niezwykłej terapii. Z zapisu na zapis w pamiętniku Charlesa zaczyna być widoczny wzrost jego inteligencji, a wraz z nim rodzi się lepsze zrozumienie przez niego swojej sytuacji, zarówno teraz, jak i przeszłości. Ta ostatnia jest bardzo trudna do przezwyciężenia. Wysoka inteligencja słabo pomaga w radzeniu sobie z bolesnymi emocjami. Fragmenty powieści poświęcone temu, jak był traktowany w dzieciństwie przez swoją rodzinę, zwłaszcza matkę, są najbardziej poruszające. Konfrontacja z bliskimi po latach niewidzenia, próby budowania więzi z innymi pokazują rozmiar dojmującej samotności Charlesa. Świetnie pokazane jest tu także podejście społeczeństwa do wszelkiej inności, a zwłaszcza do osób z niepełnosprawnością intelektualną, na przykład, kiedy Charles Gordon uświadamia sobie, że ci, których uważał za swoich przyjaciół,
koledzy z piekarni, wyśmiewali się z niego, a teraz nie akceptują zmiany
jaka w nim zaszła. Powoduje to utratę jedynego miejsca na ziemi, które uważał za swoje.
W sposobie prowadzenia narracji, w opisie pewnych szczegółów, czuć, że powieść została napisana kilkadziesiąt lat temu. Za to coś, co świetnie pasuje do współczesności, zasygnalizowane jest już tytule. Algernon jest myszą, na której przeprowadzono taki sam eksperyment, co na Gordonie. Podejście Charlesa do Algernona, to, że w zwierzęciu laboratoryjnym widzi towarzysza, wobec którego odczuwa współczucie i wdzięczność, bliższe jest dzisiejszemu nastawieniu - widzeniu w zwierzętach czujących istot.
Ważne rzeczy są w Kwiatach Algernona powiedziane wprost, co tylko podkreśla siłę
humanistycznego przekazu tej powieści, mówiącego, że niezależnie od poziomu
inteligencji, ludzie potrzebują poczucia więzi z innymi, chcą być akceptowani, kochani, szanowani. Książka ma na celu uwrażliwić czytelnika, pozwalając mu zobaczyć świat z perspektywy innego. Jest apelem, głoszącym, że bez względu na to kim są, ludzie zawsze powinni być traktowani dobrze, podmiotowo, po ludzku po prostu.